FlexRay支持的数据传输速率高达10 Mbit/s，同时由于成本原因使用非屏蔽线，这对于确保电磁兼容性是一个巨大的挑战。因此，FlexRay物理层定义了一些机制，以增强对高频干扰场和ESD（Electrostatic Discharge，静电放电）的抗干扰性，并减少电磁噪声辐射。

FlexRay簇中的物理信号基于差分电压进行传输，可以抵消发动机、点火装置和开关触点产生的干扰电压。较低的差分电压也在一定程度上限制了电磁辐射（总线电平“Data_1”为2V，总线电平“Data_0”为-2V）。

由于采用差分信号传输，因此FlexRay总线由两条线路构成：BP（Bus Plus，总线正）和BM（Bus Minus，总线负）。将两条线路绞合可显著降低磁场，因此实践中通常使用双绞线，并且出于成本考虑通常不加屏蔽。

由于信号传播速度有限，反射现象的影响会随着数据传输速率和总线长度的增加而增强。在通信通道的末端设置终端电阻可防止FlexRay簇中发生反射。

FlexRay规范规定负载介于40Ω到55Ω之间，总线终端电阻必须介于80Ω到110Ω之间。因此，应使用特征阻抗介于80Ω到110Ω之间的电缆进行传输。

可以在FlexRay总线的末端设置分离总线终端，而不是在通信通道的各个末端设置单独的总线终端电阻。分离总线终端类似于低通滤波器，可以滤除高频信号的干扰。