FlexRay通信は特定の物理トポロジーに制限されない。シンプルなpoint-to-point接続はライントポロジーまたはスタートポロジーと同様に可能である。さらにシステム設計者はシングルチャンネルまたはデュアルチャンネル通信を選択する事が出来る。

point-to-point接続の場合には2台のFlexRayノードが直接接続される。 Electrical Physical Layer Specification(EPL Specification)は配線長が24mを超えられないと規定している。3台のFlexRayノードの場合、FlexRayノードは中央でパッシブスターノードを経由し相互接続される。

このようなトポロジーはパッシブスターと呼ばれ、この物理トポロジーでは24ｍ以上の配線長が任意の2台のFlexRayノード間で許可される。 さらに、22台以上のFlexRayノードはEPL Specificationに従ってパッシブスターで接続する必要がある。

少なくとも4台のFlexRayノードでシステム設計者はパッシブスタートポロジーとライントポロジーを選択できる。 ライントポロジーではFlexRayノードは独立した引き出し線(スタブ)を経由してバスに接続される。 図“冗長通信チャンネルを持つライントポロジー”はバスがライントポロジーに基づくFlexRayクラスター、つまり通信チャンネルが冗長設計になる事を示す。これはデータがチャンネルAとチャンネルBの両方を経由して送信できることを意味する。

ライントポロジーが使用されている時、FlexRay仕様に基づきFlexRayクラスターの通信チャンネルが10Mbit/sの場合、任意の2台のFlexRayノード間は最大距離24mを超えてはならない。データの転送速度を落とす事により2台のFlexRayノード間の最大距離をもっと離す事を可能にする。 FlexRayの仕様で、22台以下のFlexRayノードが回線に接続される。

パッシブスタートポロジーと同様に、ライントポロジーにおいても電磁互換性部分で予想される深刻な問題が有っても信号整合性を維持するためにスタブ長とスタブ数が制限される。