FlexRayクラスターのデータ送信は、均一なメッセージフレーム(FlexRayメッセージ)を使用して実行されている。各FlexRayメッセージは3部で構成されている：ヘッダー、ペイロード、トレーラー。ヘッダーは40ビットで構成されており、これらのうち識別子(ID)は11ビットで構成されている。これはメッセージを識別し、slotに対応し、 全IDは自由に使用出来る。唯一の例外はID=0x00になる：これは無効なメッセージを識別するために使用される。

IDは予約ビットから開始する4個のIndicator bitから始まる。Indicator bitはより正確にメッセージを指定するのに役立つ。Payload Preamble IndicatorはStatic MessageのペイロードでNetwork Management Vectorが送信されているか、Dynamic Messageのペイロードでメッセージ識別子が送信されているかどうかを示す。

特殊なケースでは、送信機は0によって排他的にメッセージのペイロードを送信する事が出来る。これは通常のペイロードでは無い。ペイロードが通常か無効かを表すためにNull Frame Indicatorがある。Sync Frame IndicatorはStatic Segmentで送信されたメッセージが同期状況でSync Frameとして使用されているかどうかを示している。Startup Frame IndicatorはStatic Segmentで送信されるメッセージがStartup状況でStartup Frameとして使用されているかどうかを示している。

IdentifierにはPayload Lengthが続く。それはWordでペイロードのサイズを表し7ビットで構成されている。1つのメッセージで合計254バイト送信する事が出来る。識別子はCRC方式で保護されている。ペイロード長の次は識別子(ID)、Payload Length、Sync Frame Indicator、Startup Frame Indicatorを基にFlexRay仕様に基づく生成多項式で計算される11ビット長のHeader CRCが続く。

ヘッダーはCycle Counterで終了する。これは6ビット長で、メッセージが送信されるサイクル番号を表す。Cycle Counterは常に63までカウントする。