Die Datenübertragung in einem FlexRay Cluster erfolgt mithilfe eines einheitlichen Botschaftsrahmens (FlexRay Botschaft). Jede FlexRay Botschaft setzt sich aus drei Teilen zusammen: Header, Payload und Trailer . Der Header setzt sich aus 40 Bits zusammen. Davon gehören elf Bit zum Identifier (ID). Dieser kennzeichnet eine Botschaft und korrespondiert mit einem Slot. Alle IDs können frei genutzt werden. Ausgenommen ist der ID=0x00, dieser dient der Kennzeichnung von ungültigen Botschaften.

Dem ID vorangestellt sind vier Indikatorbits, denen wiederum ein reserviertes Bit vorausgeht. Die Indikatorbits dienen zur näheren Spezifizierung einer Botschaft. Der Payload Preamble Indicator zeigt an, ob im Payload einer statischen Botschaft ein Network Management Vector bzw. im Payload einer dynamischen Botschaft ein Message Identifier übertragen wird.

In besonderen Fällen kann der Sender die Payload einer Botschaft ausschließlich mit Nullen übertragen. Dabei handelt es sich dann um keinen regulären Payload. Um anzeigen zu können, ob der Payload regulär oder ungültig ist, existiert der Null Frame Indicator. Der Sync Frame Indicator gibt an, ob die im statischen Segment übertragene Botschaft als Sync Frame im Rahmen der Synchronisation verwendet wird. Der Startup Frame Indicator gibt an, ob die im statischen Segment übertragene Botschaft als Startup Frame im Rahmen des Startup verwendet wird.

Dem Identifier folgt die Payload Length. Sie zeigt die Größe des Payloads in Words an und umfasst 7 Bits. Insgesamt lassen sich mit einer Botschaft 254 Nutzbytes übertragen. Gesichert wird der Identifier mittels CRC-Verfahren. Dabei wird auf der Basis des Identifiers, der Payload Length, des Sync Frame Indicators und des Startup Frame Indicators und einem, durch die FlexRay Spezifikation definierten, Generatorpolynoms eine elf Bit lange Header CRC Sequence berechnet, die dann auf die Payload Length folgt.

Abgeschlossen wird der Header durch den Cycle Counter. Dieser setzt sich aus sechs Bits zusammen und repräsentiert die Nummer des Zyklus, in dem die Botschaft gesendet wird. Der Cycle Counter zählt stets bis 63.