従来のCANのようにCAN FDは2種類のデータフレームのフォーマットが有る:11bit IDの標準フォーマットと29bit IDの拡張フォーマット。CANへのCANopenやSAE J1939などのアドオンプロトコルがCAN FDへのアドオンとしても若干の変更で使用出来る事を保証している。
CAN FDはリモートフレーム用のフォーマットは定義していない。リモートフレームは増加した伝送速度が有効なデータフィールドが無い。そのため、CAN FDプロトコルは従来のCANのリモートフレームによるCAN FDフレームへのリクエストを可能にしている。